意见指出，按照“结余留用、超支分担”的原则，在保证医疗数量、质量和安全并加强考核的基础上，将逐步形成费用超支由定点医疗机构合理分担，结余资金由定点医疗机构合理留用的机制。
各地医保经办机构要将总额控制指标与具体付费方式和标准相结合，合理预留一定比例的质量保证金和年终清算资金后，将总额控制指标分解到各结算周期(原则上以月为周期)，按照定点服务协议的约定按时足额结算，确保定点医疗机构医疗服务正常运行。对于定点医疗机构结算周期内未超过总额控制指标的医疗费用，医保经办机构应根据协议按时足额拨付；超过的医疗费用可暂缓拨付，到年终清算时再予审核。对于未按时足额结算医疗费用的，统筹地区政府行政部门要加强监督、责令整改，对违法、违纪的要依法处理。医保经办机构可以按总额控制指标一定比例设立周转金，按协议约定向定点医疗机构拨付，以缓解其资金运行压力。