意见指出，此次确定的目标是用两年左右时间，在所有统筹地区范围内开展总额控制。
年度总额控制目标如何确定？意见指出，各统筹地区要以基本医保年度基金预算为基础，统筹考虑物价水平、参保人员医疗消费水平等因素，确定医保基金向统筹区域内定点医疗机构支付的年度总额控制目标。这其中要扣除参保单位和个人一次性预缴保费、统筹区域外就医、离休人员就医和定点零售药店支出等费用，另外还要考虑各类支出风险。在开展总额控制的同时，要保障参保人的权益，控制个人负担。
控制目标将进一步细化落实到各定点医疗机构。控制目标额将以统筹地区近三年各定点医疗机构服务提供情况和实际医疗费用发生情况为基础，按照定点医疗机构级别、类别、定点服务范围、有效服务量以及承担的首诊、转诊任务等因素，并区分门诊、住院等费用，进行细化分配。
统筹地区要遵循公开透明的原则，制定实施总额控制的程序和方法，并向社会公开。要建立医疗保险经办机构和定点医疗机构之间有效协商的机制，在分解地区总额控制目标时，应广泛征求定点医疗机构、相关行业协会和参保人员代表的意见。